統合前の沿革（国立大学財務・経営センター）
| 平成4年4月1日 | 文部省に、国立学校財務センターの業務等に関する連絡協議等を行うため、関係局(部)課による連絡協議会が発足 |
| 平成4年4月10日 | 文部大臣裁定により、国立学校財務センターの創設準備組織要領が制定され、放送教育開発センターに国立学校財務センター創設準備に関する事務を処理するため、「創設準備室」を設けることが決定 準備室長に前川 正が就任 創設準備室を文部省内に設置 |
| 平成4年5月6日 | 「国立学校財務センター」の設置を内容とする「国立学校設置法及び国立学校特別会計法の一部を改正する法律」(平成4年法律第37号)が公布 |
| 平成4年6月18日 | 「国立学校財務センター」創設準備委員会が開催され、国立学校財務センター評議員会及び運営委員会の委員選考並びに所内規則等を決定 |
| 平成4年7月1日 | 「国立学校財務センター」が千葉市美浜区若葉に設立。管理部（総務課）、研究部設置、東京連絡所を文部省内に設置。初代所長に前川正(前群馬大学長)が就任 |
| 平成5年4月1日 | 管理部に企画課設置。東京連絡所は永田町合同庁舎に移転 |
| 平成6年6月24日 | 管理部に事業課設置 |
| 平成11年4月1日 | 第2代所長に大﨑仁(前日本学術振興会理事長)が就任 |
| 平成12年3月1日 | 東京連絡所を学術総合センターに移転 |
| 平成15年7月16日 | 独立行政法人国立大学財務・経営センター法(平成15年法律115号)が公布 |
| 平成16年4月1日 | 独立行政法人国立大学財務・経営センター設立（理事長、理事、監事の設置） 初代理事長に遠藤昭雄(前国立教育政策研究所所長)が就任 |
| 平成16年6月1日 | 管理部調査役設置 |
| 平成17年3月15日 | 管理部を総務部に改称するとともに、審議役を設置（管理部調査役の廃止） |
| 平成17年4月1日 | 経営支援・研修課を経営支援課に改称 |
| 平成18年9月1日 | 経営相談室を設置 |
| 平成19年11月1日 | 内部監査室を設置 |
| 平成22年4月1日 | 第2代理事長に豊田長康(元国立大学法人三重大学長)が就任 |
| 平成23年3月31日 | 経営支援課、経営相談室を廃止 |
| 平成24年3月31日 | 研究部を廃止 |
| 平成25年4月1日 | 第3代理事長に高井陸雄（元東京海洋大学長）が就任 |
